
Tabela 4.9: Superfície acessível ao solvente (área em
˚
A
2
) dos triptofanos da papaína (9PAP) e cruzipaínas 1 (1ME4) e 2 (1ME4m), ao longo de 10 ns de simulação de dinâmica
molecular.
9PAP 1ME4 1ME4m
TRP Cristal 25
◦
C 37
◦
C TRP Cristal 25
◦
C 37
◦
C TRP Modelo 25
◦
C 37
◦
C
7 346, 88 336, 02 ± 0, 31 333, 81 ± 0, 37 7 341, 50 326, 93 ± 0, 47 327, 49 ± 0, 40 7 347, 97 338, 42 ± 0, 77 338, 51 ± 0, 31
26 107, 72 113, 72 ± 0, 78 114, 83 ± 0, 67 26 93, 05 87, 07 ± 0, 89 80, 74 ± 1, 13 26 101, 37 95, 73 ± 0, 66 89, 92 ± 0, 93
- − − − 38 353, 37 341, 21 ± 0, 34 341, 87 ± 0, 34 38 342, 30 339, 99 ± 0, 51 339, 77 ± 0, 34
69 210, 03 221, 72 ± 0, 69 214, 71 ± 0, 76 74 321, 47 317, 93 ± 1, 70 301, 43 ± 1, 41 74 325, 97 307, 33 ± 0, 69 311, 30 ± 0, 51
- − − − 128 346, 38 322, 84 ± 2, 18 322, 59 ± 2, 48 - − −
- − − − 144 157, 01 139, 30 ± 0, 49 142, 62 ± 0, 49 144 137, 18 199, 69 ± 1, 66 170, 13 ± 1, 07
- − − − 178 358, 98 339, 01 ± 0, 61 340, 54 ± 0, 46 178 350, 54 338, 28 ± 0, 59 331, 85 ± 0, 89
177
‡
106, 38 80, 23 ± 1, 30 83, 66 ± 3, 03 184
‡
109, 95 100, 49 ± 1, 97 99, 21 ± 1, 65 184
‡
96, 72 86, 26 ± 1, 07 121, 90 ± 3, 58
181 203, 58 219, 82 ± 1, 21 207, 26 ± 1, 21 188 199, 72 191, 86 ± 1, 62 201, 69 ± 1, 38 188 193, 34 186, 89 ± 0, 94 190, 45 ± 0, 94
Total 974, 59 971, 51 ± 18, 31 954, 26 ± 25, 44 Total 2281, 43 2166, 65 ± 35, 05 2158, 18 ± 28, 16 Total 1895, 39 1968, 06 ± 32, 22 1959, 24 ± 38, 26
‡
Triptofano constituinte do subsítio S1
Alterações na SAS são consideradas significativas quando ocorrem flutuações de 24
˚
A
2
, área referente a superfície de contato de van der Waals de uma molécula de água (Lu et al,
2007).
Tabela 4.10: Superfície acessível ao solvente (área em
˚
A
2
) dos triptofanos da papaína (9PAP) e cruzipaínas 1 (1ME4) e 2 (1ME4m), no 10
◦
ns de simulação de dinâmica molecular.
9PAP 1ME4 1ME4m
TRP Cristal 25
◦
C 37
◦
C TRP Cristal 25
◦
C 37
◦
C TRP Modelo 25
◦
C 37
◦
C
7 346, 88 337, 44 ± 1, 09 332, 55 ± 0, 93 7 341, 50 327, 76 ± 1, 14 327, 13 ± 1, 80 7 347, 97 340, 54 ± 1, 06 339, 26 ± 1, 10
26 107, 72 112, 44 ± 1, 30 115, 51 ± 1, 42 26 93, 05 86, 21 ± 1, 38 78, 55 ± 1, 07 26 101, 37 96, 83 ± 1, 34 87, 94 ± 1, 43
- − − − 38 353, 37 342, 64 ± 0, 98 342, 32 ± 0, 93 38 342, 30 341, 37 ± 0, 56 339, 16 ± 0, 68
69 210, 03 224, 63 ± 1, 62 211, 26 ± 2, 09 74 321, 47 319, 39 ± 1, 76 286, 20 ± 1, 40 74 325, 97 309, 15 ± 2, 02 313, 84 ± 1, 48
- − − − 128 346, 38 322, 28 ± 1, 47 323, 41 ± 1, 19 - − − −
- − − − 144 157, 01 138, 38 ± 2, 36 145, 66 ± 1, 46 144 137, 18 210, 34 ± 2, 06 167, 80 ± 1, 36
- − − − 178 358, 98 337, 15 ± 1, 00 340, 97 ± 1, 84 178 350, 54 339, 99 ± 0, 93 338, 30 ± 1, 05
177
‡
106, 38 83, 57 ± 1, 70 99, 50 ± 2, 11 184
‡
109, 95 95, 70 ± 2, 72 95, 67 ± 3, 24 184
‡
96, 72 89, 17 ± 1, 86 157, 97 ± 2, 45
181 203, 58 223, 86 ± 1, 48 210, 42 ± 1, 86 188 199, 72 190, 21 ± 1, 53 199, 75 ± 2, 35 188 193, 34 185, 87 ± 1, 21 181, 62 ± 1, 41
Total 974, 59 981, 92 ± 14, 02 969, 33 ± 17, 73 Total 2281, 43 2159, 69 ± 20, 98 2139, 73 ± 26, 73 Total 1895, 39 1975, 11 ± 22, 18 1993, 88 ± 21, 78
‡
Triptofano constituinte do subsítio S1
Alterações na SAS são consideradas significativas quando ocorrem flutuações de 24
˚
A
2
, área referente a superfície de contato de van der Waals de uma molécula de água (Lu et al,
2007).
101